AT1G16590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.952 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA-binding HORMA family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative translesion synthesis polymerase zeta subunit, homologous to Y-family DNA polymerases, contains BRCT domain. Mutants are sensitive to UV-B radiation. Gene is involved in damage-tolerance mechanisms through translesion synthesis(TLS). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
REV7; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding HORMA (InterPro:IPR003511); Has 307 Blast hits to 307 proteins in 122 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 157; Fungi - 86; Plants - 49; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 15 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5673886..5674890 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24394.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 215 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRKDDNQSG EVGRTLVDFM EVAITMIVYL KGFYPSAAFE RRRYMNVVVQ RARHPELRDY IHSAASGLLP FIEKGLVERV AVVFFSEDNV PVERFIFKIT 101: IKPSCAALVE EGQLEFALRS FLIKLSVSKS LVKPLPLNCR WEVTAYLRSL PQVGSSKEAE LWIPTDTKQW QNPPVLTPVK SLNSEPLCLQ LYLEHPSLSE 201: PLNLVNPEDV APHDP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)