AT4G36220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ferulic acid 5-hydroxylase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes ferulate 5-hydroxylase (F5H). Involved in lignin biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ferulic acid 5-hydroxylase 1 (FAH1); FUNCTIONS IN: ferulate 5-hydroxylase activity, monooxygenase activity; INVOLVED IN: lignin biosynthetic process, response to UV-B, phenylpropanoid biosynthetic process; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome P450 (InterPro:IPR001128), Cytochrome P450, E-class, group I (InterPro:IPR002401), Cytochrome P450, conserved site (InterPro:IPR017972); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytochrome P450 superfamily protein (TAIR:AT5G04330.1); Has 34463 Blast hits to 34198 proteins in 1764 species: Archae - 58; Bacteria - 4180; Metazoa - 12146; Fungi - 7203; Plants - 9525; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 1345 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:17137584..17139619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58724.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 520 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESSISQTLS KLSDPTTSLV IVVSLFIFIS FITRRRRPPY PPGPRGWPII GNMLMMDQLT HRGLANLAKK YGGLCHLRMG FLHMYAVSSP EVARQVLQVQ 101: DSVFSNRPAT IAISYLTYDR ADMAFAHYGP FWRQMRKVCV MKVFSRKRAE SWASVRDEVD KMVRSVSCNV GKPINVGEQI FALTRNITYR AAFGSACEKG 201: QDEFIRILQE FSKLFGAFNV ADFIPYFGWI DPQGINKRLV KARNDLDGFI DDIIDEHMKK KENQNAVDDG DVVDTDMVDD LLAFYSEEAK LVSETADLQN 301: SIKLTRDNIK AIIMDVMFGG TETVASAIEW ALTELLRSPE DLKRVQQELA EVVGLDRRVE ESDIEKLTYL KCTLKETLRM HPPIPLLLHE TAEDTSIDGF 401: FIPKKSRVMI NAFAIGRDPT SWTDPDTFRP SRFLEPGVPD FKGSNFEFIP FGSGRRSCPG MQLGLYALDL AVAHILHCFT WKLPDGMKPS ELDMNDVFGL 501: TAPKATRLFA VPTTRLICAL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)