AT4G35050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transducin family protein / WD-40 repeat family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a WD-40 repeat protein similar to yeast MSI1. The predicted protein has a DWD motif. It can bind to DDB1a in Y2H assays, and DDB1b in co-IP assays, and may be involved in the formation of a CUL4-based E3 ubiquitin ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MULTICOPY SUPPRESSOR OF IRA1 3 (MSI3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), Histone-binding protein RBBP4 (InterPro:IPR022052), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin family protein / WD-40 repeat family protein (TAIR:AT2G16780.1); Has 37885 Blast hits to 23592 proteins in 711 species: Archae - 24; Bacteria - 3738; Metazoa - 15273; Fungi - 8747; Plants - 5038; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5065 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16682752..16684751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47985.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 424 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAEEGKDEA GLDQVEEEFS IWKRNTPFLY DLMISHPLEW PSLTLHWVPS TPIPYSKDPY FAVHKLILGT HTSGGAQDFL MVADVVIPTP DAEPGLGGRD 101: QEPIVPKVEI KQKIRVDGEV NRARCMPQKP TLVGAKTSGS EVFLFDYARL SGKPQTSECD PDLRLMGHEQ EGYGLAWSSF KEGYLLSGSQ DQRICLWDVS 201: ATATDKVLNP MHVYEGHQSI IEDVAWHMKN ENIFGSAGDD CQLVIWDLRT NQMQHQVKVH EREINYLSFN PFNEWVLATA SSDSTVALFD LRKLTAPLHV 301: LSKHEGEVFQ VEWDPNHETV LASSGEDRRL MVWDINRVGD EQLEIELDAE DGPPELLFSH GGHKAKISDF AWNKDEPWVI SSVAEDNSLQ VWQMAESIYR 401: EDDEDEDDDD EGNQNAQHSN ENQK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)