AT3G13160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT1G55890.1); Has 40331 Blast hits to 13148 proteins in 280 species: Archae - 5; Bacteria - 51; Metazoa - 319; Fungi - 323; Plants - 38622; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1011 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4229994..4231178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44930.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 394 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSLSRFLLR GNFSFSTHTN RRFFSAVTAA AATPSPPKPS LITLVNDERD PKFITEKFKK ACQAEWFRKN IAVYERTVRR LAAAKKFEWV EEILEEQNKY 101: PNMSKEGFVA RIINLYGRVG MFENAQKVFD EMPERNCKRT ALSFNALLNA CVNSKKFDLV EGIFKELPGK LSIEPDVASY NTLIKGLCGK GSFTEAVALI 201: DEIENKGLKP DHITFNILLH ESYTKGKFEE GEQIWARMVE KNVKRDIRSY NARLLGLAME NKSEEMVSLF DKLKGNELKP DVFTFTAMIK GFVSEGKLDE 301: AITWYKEIEK NGCRPLKFVF NSLLPAICKA GDLESAYELC KEIFAKRLLV DEAVLQEVVD ALVKGSKQDE AEEIVELAKT NDYLQCKLRL FPKE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)