AT3G12530.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : PSF2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
PSF2; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: DNA replication; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GINS complex (InterPro:IPR021151), GINS complex, subunit Psf2 (InterPro:IPR007257), GINS complex, subunit Psf2, subgroup (InterPro:IPR016906); Has 396 Blast hits to 382 proteins in 194 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 128; Fungi - 167; Plants - 52; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 49 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3972604..3973864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 24292.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 5.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 210 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGQTDPHIS LFSPQEVEFM AEDELVEIVP NMNMEQLNFI SGDFGRFIPQ IPTKVPLWLA VALKRRGKCT FRPPGWMSVD NLTQILEAER ESQSTFQALP 101: FSYVEIARLL FDHARDDIPD MYMVRSLVED IRDVRLHKLE TNLGSFQGTS AVKISNVSAM EVNIVRPFVI RALEAFYKHD KPEADVDRDT RSSRQQRETN 201: NEPRRPLRQR |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)