AT4G33680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in disease resistance against Pseudomonas syringae. mutants have elevated SA levels, a low level of spontaneous cell death, callose deposition, and enlarged cells in leaves. genetically maps on chr 4 between L23H3 and nga1139. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ABERRANT GROWTH AND DEATH 2 (AGD2); FUNCTIONS IN: transaminase activity, copper ion binding, L,L-diaminopimelate aminotransferase activity; INVOLVED IN: lysine biosynthetic process via diaminopimelate, systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: LL-diaminopimelate aminotransferase, plant-related (InterPro:IPR019942), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2 (InterPro:IPR015422); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AGD2-like defense response protein 1 (TAIR:AT2G13810.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16171847..16174630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50398.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 461 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSTHQLVSS MISSSSSTFL APSNFNLRTR NACLPMAKRV NTCKCVATPQ EKIEYKTKVS RNSNMSKLQA GYLFPEIARR RSAHLLKYPD AQVISLGIGD 101: TTEPIPEVIT SAMAKKAHEL STIEGYSGYG AEQGAKPLRA AIAKTFYGGL GIGDDDVFVS DGAKCDISRL QVMFGSNVTI AVQDPSYPAY VDSSVIMGQT 201: GQFNTDVQKY GNIEYMRCTP ENGFFPDLST VGRTDIIFFC SPNNPTGAAA TREQLTQLVE FAKKNGSIIV YDSAYAMYMS DDNPRSIFEI PGAEEVAMET 301: ASFSKYAGFT GVRLGWTVIP KKLLYSDGFP VAKDFNRIIC TCFNGASNIS QAGALACLTP EGLEAMHKVI GFYKENTNII IDTFTSLGYD VYGGKNAPYV 401: WVHFPNQSSW DVFAEILEKT HVVTTPGSGF GPGGEGFVRV SAFGHRENIL EACRRFKQLY K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)