AT4G27490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 3'-5'-exoribonuclease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
3'-5'-exoribonuclease family protein; FUNCTIONS IN: 3'-5'-exoribonuclease activity, RNA binding; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 (InterPro:IPR015847), Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 (InterPro:IPR001247), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 3'-5'-exoribonuclease family protein (TAIR:AT3G61620.2); Has 6020 Blast hits to 6020 proteins in 1904 species: Archae - 333; Bacteria - 3622; Metazoa - 423; Fungi - 273; Plants - 197; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1172 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13739961..13741647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27449.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 256 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAKPGAATP TYSPKIVGRS RLPIFKDSDL DWSRPDGRGF HQCRPALLQT GAVSSASGSA YAEFGNTKVI VSVFGPRESK KAMVYSDVGR LNCNVSYTNF 101: ASPTLGQGTD HKEYSSMLHK ALEGVIMMET FPKTTVDVFA LVLESGGSDL SVLISCASLA LADAGIMMYD LITAVSVSCI GKSLMIDPVT EEEGCEDGSF 201: MMTCMPSRYE ITQLTITGEW TTPNINEAMQ LCLDASSKLG EIMRDCLKQS ASASDE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)