AT1G03360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal RNA processing 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal RNA processing 4 (RRP4); FUNCTIONS IN: exonuclease activity; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027); Has 615 Blast hits to 615 proteins in 291 species: Archae - 147; Bacteria - 0; Metazoa - 136; Fungi - 134; Plants - 55; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 143 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:824653..826179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36576.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 322 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVMRKLQLPL SQTQKVRFER AIERLQSLSS SANSDASVIV TDSIPVNHDD AFLKGHGTSE VDGELLATVC GVVERVDKLV YVRTLRARYK PEVGDIVVGR 101: VIEVAQKRWR VELNFNQDGV LMLSSMNMPD GIQRRRTSVD ELNMRNIFVE HDVVCAEVRN FQHDGSLQLQ ARSQKYGKLE KGQLLKVDPY LVKRSKHHFH 201: YVESLGIDLI IGCNGFIWVG EHVEVRDPMA IDDQKDEEMI SSSSTGKEQS HIPLETRQTI CRIGNAIRVL SNLGFTVTLE VIMETVNLSN SKNIDIHDML 301: GSEFHVVVAE NEAERRRTKR KK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)