AT3G46210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S5 domain 2-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein S5 domain 2-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: 3'-5'-exoribonuclease activity, RNA binding; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 (InterPro:IPR001247), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G07110.1); Has 6526 Blast hits to 6524 proteins in 2015 species: Archae - 242; Bacteria - 4366; Metazoa - 314; Fungi - 210; Plants - 230; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1164 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16976960..16978489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25811.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 239 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIDREDGRT PNQLRPLACS RNILHRPHGS ASWSQGDTKV LAAVYGPKAG TKKNENAEKA CFEVIWKPKS GQIGKVEKEY EMILKRTIQS ICVLTVNPNT 101: TTSVIIQVVH DDGSLLPCAI NAACAALVDA GIPMKHLAVA ICCCLAENGY LVLDPNKLEE KKMTAFAYLV FPNTTLSVLP EGSSVAEGEP VEHGIITSIT 201: HGVMSVDDYF LCVENGRAAT ASLSAFFRKN FQQSSSKAG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)