AT3G61620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 3'-5'-exoribonuclease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
exonuclease RRP41 (RRP41) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RRP41; FUNCTIONS IN: 3'-5'-exoribonuclease activity, RNA binding; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 (InterPro:IPR015847), Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 (InterPro:IPR001247), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 3'-5'-exoribonuclease family protein (TAIR:AT4G27490.1); Has 12943 Blast hits to 12918 proteins in 2731 species: Archae - 406; Bacteria - 8580; Metazoa - 462; Fungi - 283; Plants - 250; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2962 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22801382..22802910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26553.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 241 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEYVNPEGLR LDGRRFNEMR QIVAEVGVVS KADGSAVFEM GNTKVIAAVY GPREIQNKSQ QKKNDHAVVL CEYSMAQFST GDRRRQKFDR RSTELSLVIR 101: QTMEACILTE LMPHSQIDIF LQVLQADGGT RSACINAATL ALADAGIPMR DLAVSCSAGY LNSTPLLDLN YVEDSAGGAD VTVGILPKLD KVSLLQMDAK 201: LPMETFETVF ALASEGCKAI AERIREVLQE NTKQLEYRRA A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)