AT4G27160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.461 vacuole 0.369 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : seed storage albumin 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
seed storage albumin 3 (SESA3); FUNCTIONS IN: lipid binding, nutrient reservoir activity; INVOLVED IN: lipid transport; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bifunctional trypsin/alpha-amylase inhibitor (InterPro:IPR013771), Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage (InterPro:IPR016140), Napin/ Bra allergen (InterPro:IPR000617), Plant lipid transfer protein/seed storage/trypsin-alpha amylase inhibitor (InterPro:IPR003612); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: seed storage albumin 2 (TAIR:AT4G27150.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13611836..13612330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18763.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 164 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANKLFLVCA TLALCFLLTN ASIYRTVVEF EEDDASNPVG PRQRCQKEFQ QSQHLRACQR WMSKQMRQGR GGGPSLDDEF DFEGPQQGYQ LLQQCCNELR 101: QEEPVCVCPT LKQAARAVSL QGQHGPFQSR KIYQSAKYLP NICKIQQVGE CPFQTTIPFF PPYY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)