AT1G03880.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.894 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cruciferin 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Protein is tyrosine-phosphorylated and its phosphorylation state is modulated in response to ABA in Arabidopsis thaliana seeds. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cruciferin 2 (CRU2); FUNCTIONS IN: nutrient reservoir activity; INVOLVED IN: seed germination, response to abscisic acid stimulus; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: leaf, seed; EXPRESSED DURING: seedling growth, seed development stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 11-S seed storage protein, conserved site (InterPro:IPR022379), Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Cupin 1 (InterPro:IPR006045), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710), 11-S seed storage protein, plant (InterPro:IPR006044); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RmlC-like cupins superfamily protein (TAIR:AT5G44120.3); Has 919 Blast hits to 884 proteins in 120 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 906; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:985786..987916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50561.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 455 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRVSSIISF SLTLLILFNG YTAQQWPNEC QLDQLNALEP SQIIKSEGGR IEVWDHHAPQ LRCSGFAFER FVIEPQGLFL PTFLNAGKLT FVVHGRGLMG 101: RVIPGCAETF MESPVFGEGQ GQGQSQGFRD MHQKVEHLRC GDTIATPSGV AQWFYNNGNE PLILVAAADL ASNQNQLDRN LRPFLIAGNN PQGQEWLQGR 201: KQQKQNNIFN GFAPEILAQA FKINVETAQQ LQNQQDNRGN IVKVNGPFGV IRPPLRRGEG GQQPHEIANG LEETLCTMRC TENLDDPSDA DVYKPSLGYI 301: STLNSYNLPI LRLLRLSALR GSIRKNAMVL PQWNVNANAA LYVTNGKAHI QMVNDNGERV FDQEISSGQL LVVPQGFSVM KHAIGEQFEW IEFKTNENAQ 401: VNTLAGRTSV MRGLPLEVIT NGYQISPEEA KRVKFSTIET TLTHSSPMSY GRPRA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)