AT4G25110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.485 cytosol 0.377 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : metacaspase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
metacaspase 2 (MC2); FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C14, caspase catalytic (InterPro:IPR011600), Zinc finger, LSD1-type (InterPro:IPR005735); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: metacaspase 1 (TAIR:AT1G02170.1); Has 7673 Blast hits to 3913 proteins in 538 species: Archae - 9; Bacteria - 793; Metazoa - 961; Fungi - 920; Plants - 3202; Viruses - 585; Other Eukaryotes - 1203 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12887738..12889953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45813.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 418 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLLLVDCSSC RTPLHLPPGA TRIRCAICHA FTLIAPEPRL QSHASASPFP FPNSSPAPST FIYPPPTPSP YTHAPHAPSP FNHAPPDSYP FTHAPPASSP 101: FNHAPPGPPP PVHGQKRAVI VGVSYKNTKD ELKGCINDAN CMKFMLMKRF QFPESCILML TEEEADPMRW PTKNNITMAM HWLVLSCKPG DSLVFHFSGH 201: GNNQMDDNGD EVDGFDETLL PVDHRTSGVI VDDEINATIV RPLPYGVKLH AIVDACHSGT VMDLPYLCRM DRLGNYEWED HRPKTGMWKG TSGGEVFSFT 301: GCDDDQTSAD TPQLSGSAWT GAMTYAFIQA IERGHGMTYG SLLNAMRSTV HEIFDKNKGR ELVEVGGADF LSTLLGLLIL GASPPDEEEE VNQAPQKTQE 401: PQLSANEAFA VYEKPFSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)