AT4G15880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cysteine proteinases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
EARLY IN SHORT DAYS 4 Arabidopsis mutant shows extreme early flowering and alterations in shoot development. It encodes a SUMO protease, located predominantly at the periphery of the nucleus. Accelerates the transition from vegetative growth to flowering. Probably acts in the same pathway as NUA in affecting flowering time, vegetative and inflorescence development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EARLY IN SHORT DAYS 4 (ESD4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1 (InterPro:IPR003653); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UB-like protease 1A (TAIR:AT3G06910.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:9012769..9015797 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56428.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 489 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAVAINRKR SDESFNFINQ QSTNPLRNSP YFQASKKRRF SFAMSEDSGK PASSNPTISR ISRYPDAKAP LRREIHAPSR GILRYGKAKS NDYCEKDANF 101: FVRKYDDAKR SALEALRFVN KGKDFVDLGD EVEKEEVVSD DSSVQAIEVI DCDDDEEKKN LQPSFSSGVT DVKKGENFRV EDTSMMLDSL SLDRDVDNDA 201: SSLEAYRKLM QSAEKRNSKL EALGFEIVLN EKKLSLLRQS RPKTVEKRVE VPREPFIPLT EDEEAEVYRA FSGRNRRKVL ATHENSNIDI TGEVLQCLTP 301: SAWLNDEVIN VYLELLKERE TREPKKYLKC HYFNTFFYKK LVSDSGYNFK AVRRWTTQRK LGYALIDCDM IFVPIHRGVH WTLAVINNRE SKLLYLDSLN 401: GVDPMILNAL AKYMGDEANE KSGKKIDANS WDMEFVEDLP QQKNGYDCGM FMLKYIDFFS RGLGLCFSQE HMPYFRLRTA KEILRLRAD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)