AT4G04740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.924 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : calcium-dependent protein kinase 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Calcium Dependent Protein Kinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
calcium-dependent protein kinase 23 (CPK23); FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: response to cadmium ion, protein amino acid phosphorylation, N-terminal protein myristoylation; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF-hand (InterPro:IPR018248), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), Calcium-dependent protein kinase (InterPro:IPR020642), Calcium/calmodulin-dependent protein kinase-like (InterPro:IPR020636); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calcium-dependent protein kinase 21 (TAIR:AT4G04720.1); Has 128755 Blast hits to 122983 proteins in 3953 species: Archae - 178; Bacteria - 14151; Metazoa - 46216; Fungi - 17196; Plants - 28127; Viruses - 447; Other Eukaryotes - 22440 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:2405406..2408493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58657.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 520 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGCFSSKHRK TQNDGGGERS IPIIPVQTHI VDQVPDHRKP QIPSPSIPIS VRDPETILGK PFEDIRKFYS LGRELGRGGL GITYMCKEIG TGNIYACKSI 101: LKRKLISELG REDVKTEIQI MQHLSGQPNV VEIKGSYEDR HSVHLVMELC AGGELFDRII AQGHYSERAA AGTIKSIVDV VQICHLNGVI HRDLKPENFL 201: FSSKEENAML KVTDFGLSAF IEEGKIYKDV VGSPYYVAPE VLRQSYGKEI DIWSAGVILY ILLCGVPPFW ADNEEGVFVE ILKCKIDFVR EPWPSISDSA 301: KDLVEKMLTE DPKRRITAAQ VLEHPWIKGG EAPEKPIDST VLSRMKQFRA MNKLKKLALK VSAVSLSEEE IKGLKTLFAN MDTNRSGTIT YEQLQTGLSR 401: LRSRLSETEV QQLVEASDVD GNGTIDYYEF ISATMHRYKL HHDEHVHKAF QHLDKDKNGH ITRDELESAM KEYGMGDEAS IKEVISEVDT DNDGKINFEE 501: FRAMMRCGTT QPKGKQYPFH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)