AT3G63250.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : homocysteine methyltransferase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homocysteine methyltransferase (HMT). Among the three HMT coding genes in the genome, HMT2 is responsible for a significant proportion of HMT activity in the flower stalks and silique hulls. However, HMT2 does not significantly contribute to the total HMT activity in seeds. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homocysteine methyltransferase 2 (HMT2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homocysteine S-methyltransferase (InterPro:IPR003726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homocysteine S-methyltransferase 3 (TAIR:AT3G22740.1); Has 6768 Blast hits to 6760 proteins in 1892 species: Archae - 4; Bacteria - 4264; Metazoa - 340; Fungi - 135; Plants - 163; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1862 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:23370575..23372587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36453.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 333 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTGNSFNSMK DFLKQTGGYA VIDGGLATEF ERHGADLNDP LWSAKCLVTS PHLIHTVHLD YLEAGADIIS SASYQATIQG FEAKGFSREE SESLLKKSVE 101: IATEARNSYY DKCGTSSSMD DKILKKRPIL VAASVGSYGA YLADGSEYSG IYGDSITLEK LKDFHRRRLQ VLAESGADLI AFETIPNKIE AQAFADLLEE 201: GDVKIPGWFS FNSKDGVNVV SGDSIKECIS IAENCEKVVA VGINCTPPRF IEGLVLEIEK VTSKPILVYP NSGESYDADR KEWVENTGVG DEDFVSYVEK 301: WMDAGVSLLG GCCRTTPTTI RAIHKRLVNR RSL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)