AT2G19430.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : DWD (DDB1-binding WD40 protein) hypersensitive to ABA 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
This gene is predicted to encode a protein with a DWD motif. It can bind to DDB1a in Y2H assays, and DDB1b in co-IP assays, and may be involved in the formation of a CUL4-based E3 ubiquitin ligase. Encodes a component of the putative Arabidopsis THO/TREX complex: THO1 or HPR1 (At5g09860), THO2 (At1g24706), THO3 or TEX1 (At5g56130), THO5 (At5g42920, At1g45233), THO6 (At2g19430), and THO7 (At5g16790, At3g02950). THO/TREX complexes in animals have been implicated in the transport of mRNA precursors. Mutants of THO3/TEX1, THO1, THO6 accumulate reduced amount of small interfering (si)RNA, suggesting a role of the putative Arabidopsis THO/TREX in siRNA biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DWD (DDB1-binding WD40 protein) hypersensitive to ABA 1 (DWA1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT3G49660.1); Has 25005 Blast hits to 14147 proteins in 619 species: Archae - 64; Bacteria - 4449; Metazoa - 9459; Fungi - 5655; Plants - 2500; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2878 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8415217..8417740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40075.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYGDATNWNE DEYRESILKE REIETRTVFR TAWAPPARIS NPDAFVVASS DGTLAFHSLN SLVSQSASFG YSKGQDVMVA EPERVVRAHE GPAYDVKFYG 101: EDEDALLLSC GDDGRVRGWK WREFAESDVS LHLKENHLKP LLELINPQHK GPWGALSPMP EINAMSVDPQ SGSVFTAAGD SCAYCWDVES GKIKMTFKGH 201: SDYLHTVVSR SSASQILTGS EDGTARIWDC KTGKCVKVIG SQDKKSRLRV SSMALDGSES WLVCGQGKNL ALWNLPASEC VQTIPIPAHV QDVMFDEKQI 301: LTVGAEPLLR RFDLNGALLS QIHCAPCSVF SISLHPAGVV AVGGYGGIVD VISQFGSHLC TFRSSSL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)