AT3G62170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : VANGUARD 1 homolog 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
VANGUARD 1 homolog 2 (VGDH2); FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT2G47040.1); Has 2977 Blast hits to 2910 proteins in 463 species: Archae - 6; Bacteria - 876; Metazoa - 1; Fungi - 201; Plants - 1867; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 26 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:23016495..23018337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62961.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 588 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVGKVVVSV ASLLLVVGVA IGVITFVNKG GGANGDSNGP INSHQKAVQT ICQSTTDQGS CAKTLDPVKS DDPSKLVKAF LMATKDAITK SSNFTASTEG 101: GMGTNMNATS KAVLDYCKRV LMYALEDLET IVEEMGEDLQ QSGTKLDQLK QWLTGVFNYQ TDCLDDIEEV ELKKIMGEGI SNSKVLTSNA IDIFHSVVTA 201: MAQMGVKVDD MKNITMGAGA GGAARRLLED NDSKGLPKWF SGKDRKLMAK AGRGAPAGGD DGIGEGGGGG GKIKATHVVA KDGSGQFKTI SEAVMACPDK 301: NPGRCIIHIK AGIYNEQVRI PKKKNNIFMF GDGATQTIIT FDRSVKLSPG TTTSLSGTVQ VESEGFMAKW IGFKNTAGPL GHQAVALRVN GDRAVIFNCR 401: FDGYQDTLYV NNGRQFYRNI VVSGTVDFIF GKSATVIQNS LILVRKGSPG QSNYVTADGN EKGAAMKIGI VLHNCRIIPD KELEADKLTI KSYLGRPWKK 501: FATTVIIGTE IGDLIKPEGW TEWQGEQNHK TAKYIEFNNR GPGAATTQRP PWVKVAKSAA EVETYTVANW VGPANWIQEA NVPVQLGL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)