AT1G02790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : polygalacturonase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a exopolygalacturonase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
polygalacturonase 4 (PGA4); FUNCTIONS IN: polygalacturonase activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334), Glycoside hydrolase, family 28 (InterPro:IPR000743), Parallel beta-helix repeat (InterPro:IPR006626); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pectin lyase-like superfamily protein (TAIR:AT3G07830.1); Has 4155 Blast hits to 4140 proteins in 501 species: Archae - 6; Bacteria - 1251; Metazoa - 14; Fungi - 1275; Plants - 1482; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 127 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:610681..612225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44432.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANARSLVAK ANNINVGSLI LMALVFGSCV ANGEYLGGRR GLAANSGNPT VYDITKFGAV GDGSTNTFKA FLNTWIQVCD SPVPATLLVP KGTFLAGPVI 101: FAGPCKSKVT VNVIGTIIAT TSGYATPEWF LFERVDNLVL TGTGTFHGKG EAVWKADGCG KKVQCNLPPT SLKFRNMKNV EINGISSVNA KAFHMFLVKT 201: ENVNIQNIKL TAPAESPNTD GIHLSNADNV SILDSTIATG DDCVSVGRGS NNVTVERVIC GPGHGLSVGS LGKYKNEEDV SGIHVNNCTM IETDNGLRIK 301: TWGGSDPSKA VDIKFENIIM QSVKNPIIID QNYGSRGGDS QVAISDILFK NIRGTTITKD VVQIMCSKSV PCQGVNVVDV NLDYVGKTGG EKKSSSGGLV 401: GALCDNANVI FGGKLSFPMC PK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)