AT2G47030.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VGDH1; FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: male gametophyte, flower, pollen tube; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT2G47040.1); Has 2990 Blast hits to 2923 proteins in 471 species: Archae - 6; Bacteria - 907; Metazoa - 1; Fungi - 197; Plants - 1853; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 26 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:19324415..19326268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64141.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 588 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIGKVVVSVA SILLIVGVAI GVVAFINKNG DANLSPQMKA VQGICQSTSD KASCVKTLEP VKSEDPNKLI KAFMLATKDE LTKSSNFTGQ TEVNMGSSIS 101: PNNKAVLDYC KRVFMYALED LATIIEEMGE DLSQIGSKID QLKQWLIGVY NYQTDCLDDI EEDDLRKAIG EGIANSKILT TNAIDIFHTV VSAMAKINNK 201: VDDLKNMTGG IPTPGAPPVV DESPVADPDG PARRLLEDID ETGIPTWVSG ADRKLMAKAG RGRRGGRGGG ARVRTNFVVA KDGSGQFKTV QQAVDACPEN 301: NRGRCIIYIK AGLYREQVII PKKKNNIFMF GDGARKTVIS YNRSVALSRG TTTSLSATVQ VESEGFMAKW MGFKNTAGPM GHQAAAIRVN GDRAVIFNCR 401: FDGYQDTLYV NNGRQFYRNC VVSGTVDFIF GKSATVIQNT LIVVRKGSKG QYNTVTADGN ELGLGMKIGI VLQNCRIVPD RKLTPERLTV ATYLGRPWKK 501: FSTTVIMSTE MGDLIRPEGW KIWDGESFHK SCRYVEYNNR GPGAFANRRV NWAKVARSAA EVNGFTAANW LGPINWIQEA NVPVTIGL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)