AT2G47040.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Share high homologies with a group of pectin methylesterases (PME), pollen specific, and is required for enhancing the growth of pollen tube in style and transmitting tract tissues. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VANGUARD1 (VGD1); FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: pollen tube growth; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: male gametophyte, flower, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT2G47030.1); Has 2977 Blast hits to 2908 proteins in 464 species: Archae - 6; Bacteria - 891; Metazoa - 1; Fungi - 197; Plants - 1856; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 26 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:19328186..19330060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64731.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 595 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIGKVVVSVA SILLIVGVAI GVVAYINKNG DANLSPQMKA VRGICEATSD KASCVKTLEP VKSDDPNKLI KAFMLATRDA ITQSSNFTGK TEGNLGSGIS 101: PNNKAVLDYC KKVFMYALED LSTIVEEMGE DLNQIGSKID QLKQWLTGVY NYQTDCLDDI EEDDLRKTIG EGIASSKILT SNAIDIFHTV VSAMAKLNLK 201: VEDFKNMTGG IFAPSDKGAA PVNKGTPPVA DDSPVADPDG PARRLLEDID ETGIPTWVSG ADRKLMTKAG RGSNDGGARI RATFVVAKDG SGQFKTVQQA 301: VNACPEKNPG RCIIHIKAGI YREQVIIPKK KNNIFMFGDG ARKTVISYNR SVKLSPGTTT SLSGTVQVES EGFMAKWIGF KNTAGPMGHQ AVAIRVNGDR 401: AVIFNCRFDG YQDTLYVNNG RQFYRNIVVS GTVDFIFGKS ATVIQNSLIV VRKGNKGQFN TVTADGNEKG LAMKIGIVLQ NCRIVPDKKL AAERLIVESY 501: LGRPWKKFST TVIINSEIGD VIRPEGWKIW DGESFHKSCR YVEYNNRGPG AITNRRVNWV KIARSAAEVN DFTVANWLGP INWIQEANVP VTLGL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)