AT3G56440.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 0.896 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of yeast autophagy 18 (ATG18) D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
homolog of yeast autophagy 18 (ATG18) D (ATG18D); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homolog of yeast autophagy 18C (TAIR:AT2G40810.2); Has 1451 Blast hits to 1383 proteins in 243 species: Archae - 0; Bacteria - 34; Metazoa - 579; Fungi - 434; Plants - 212; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 190 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20926874..20928797 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 43890.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 6.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 391 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDPRRNFQPG GYDSRNTFTS GSFGPPDFGE SDEAELVSVS WNQDYSCFAA GTSHGFRIYN CEPFKETFRR ELKDGGFKIV EMLFRSNILA LVGGGPNSQY 101: PSNKVLIWDD HQGRCISEFT FRSEIRAVKL RRDRIVVVLE HKIYVYNFMD LRLLHQIENM ANPRGLCCLS HHMNTSVLAC PGIRRGEVRV EHFGLNMVQI 201: INAHDSNIAC MTLTLDGLLL ATASTKGTLI RIFNTMDGTR LQEVRRGVDR ADIYSIALSP NVQWLAVSSD KGTVHIFSLR VRVIGEDAYS TEHETSSNSL 301: QPLVSPASGA NPGSSLSFLR GVLPKYFSSE WSFSQFHVPE VTQYFAAFGA QNTIAIIGLD GSFYRCNFDP VNGGEMTQLE HFHFLKQDSP R |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)