AT3G54990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Integrase-type DNA-binding superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a AP2 domain transcription factor that can repress flowering. SMZ and its paralogous gene, SNARCHZAPFEN (SNZ), share a signature with partial complementarity to the miR172 microRNA, whose precursor is induced upon flowering. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SCHLAFMUTZE (SMZ); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor/ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Integrase-type DNA-binding superfamily protein (TAIR:AT2G39250.1); Has 4731 Blast hits to 4226 proteins in 234 species: Archae - 0; Bacteria - 32; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 4627; Viruses - 15; Other Eukaryotes - 57 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20373718..20376522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38673.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLDLNLKIFS SYNEDQDRKV PLMISTTGEE ESNSSSSSTT DSAARDAFIA FGILKRDDDL VPPPPPPPHK ETGDLFPVVA DARRNIEFSV EDSHWLNLSS 101: LQRNTQKMVK KSRRGPRSRS SQYRGVTFYR RTGRWESHIW DCGKQVYLGG FDTAYAAARA YDRAAIKFRG LDADINFVVD DYRHDIDKMK NLNKVEFVQT 201: LRRESASFGR GSSKYKGLAL QKCTQFKTHD QIHLFQNRGW DAAAIKYNEL GKGEGAMKFG AHIKGNGHND LELSLGISSS SESIKLTTGD YYKGINRSTM 301: GLYGKQSSIF LPMATMKPLK TVAASSGFPF ISMTSSSSSM SNCFDP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)