AT3G52720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha carbonic anhydrase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative alpha carbonic anhydrase (CAH1) located in the chloroplast stroma. Most chloroplast proteins are encoded by the nuclear genome and imported with the help of sorting signals that are intrinsic parts of the polypeptides. CAH1 takes an alternative route through the secretory pathway, and becomes N-glycosylated before entering the chloroplast. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
alpha carbonic anhydrase 1 (ACA1); FUNCTIONS IN: carbonate dehydratase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: one-carbon metabolic process; LOCATED IN: chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Carbonic anhydrase, alpha-class, catalytic domain (InterPro:IPR001148), Carbonic anhydrase, CAH1-like (InterPro:IPR018340), Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site (InterPro:IPR018338); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha carbonic anhydrase 7 (TAIR:AT1G08080.1); Has 3348 Blast hits to 3336 proteins in 547 species: Archae - 0; Bacteria - 715; Metazoa - 2044; Fungi - 83; Plants - 327; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 179 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19538804..19541116 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32699.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 284 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKIMMMIKLC FFSMSLICIA PADAQTEGVV FGYKGKNGPN QWGHLNPHFT TCAVGKLQSP IDIQRRQIFY NHKLNSIHRE YYFTNATLVN HVCNVAMFFG 101: EGAGDVIIEN KNYTLLQMHW HTPSEHHLHG VQYAAELHMV HQAKDGSFAV VASLFKIGTE EPFLSQMKEK LVKLKEERLK GNHTAQVEVG RIDTRHIERK 201: TRKYYRYIGS LTTPPCSENV SWTILGKVRS MSKEQVELLR SPLDTSFKNN SRPCQPLNGR RVEMFHDHER VDKKETGNKK KKPN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)