AT3G43960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cysteine proteinases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cysteine proteinases superfamily protein; FUNCTIONS IN: cysteine-type peptidase activity, cysteine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: anchored to membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C1A, papain (InterPro:IPR013128), Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide (InterPro:IPR013201), Peptidase C1A, papain C-terminal (InterPro:IPR000668), Peptidase, cysteine peptidase active site (InterPro:IPR000169); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cysteine proteinases superfamily protein (TAIR:AT3G19400.1); Has 7750 Blast hits to 7646 proteins in 706 species: Archae - 41; Bacteria - 178; Metazoa - 3340; Fungi - 4; Plants - 1867; Viruses - 137; Other Eukaryotes - 2183 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:15774122..15775628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41543.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 376 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAISFRTLAL LTLSVLLISI SLGVVTATES QRNEGEVLTM YEQWLVENGK NYNGLGEKER RFKIFKDNLK RIEEHNSDPN RSYERGLNKF SDLTADEFQA 101: SYLGGKMEKK SLSDVAERYQ YKEGDVLPDE VDWRERGAVV PRVKRQGECG SCWAFAATGA VEGINQITTG ELVSLSEQEL IDCDRGNDNF GCAGGGAVWA 201: FEFIKENGGI VSDEVYGYTG EDTAACKAIE MKTTRVVTIN GHEVVPVNDE MSLKKAVAYQ PISVMISAAN MSDYKSGVYK GACSNLWGDH NVLIVGYGTS 301: SDEGDYWLIR NSWGPEWGEG GYLRLQRNFH EPTGKCAVAV APVYPIKSNS SSHLLSPSVF KLVVLFVFQL ISLALL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)