AT3G63470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 40 (scpl40); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563), Peptidase S10, serine carboxypeptidase, active site (InterPro:IPR018202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 39 (TAIR:AT3G52020.1); Has 3527 Blast hits to 3467 proteins in 341 species: Archae - 0; Bacteria - 144; Metazoa - 641; Fungi - 871; Plants - 1469; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 402 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:23438561..23440862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56242.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 502 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRKGQGYSYS VIASVLVLLC VVVSRIECSS QVHALSRLYL SKRGVGGSST MDTSHFKAVK DLKPSSLRSA ANQEGLRKRD LIRRLPGQPP VSFDQYGGYV 101: TVNESAGRSF FYYFVEASKS KDSSPLLLWL NGGPGCSSLA YGALQELGPF RVHSDGKTLF RNRYAWNNAA NVLFLESPAG VGFSYTNTTS DLEKHGDRNT 201: AADNYIFLVN WLERFPEYKG RDLYIAGESY AGHYVPQLAH TILLHHRSFF NLKGILIGNA VINDETDLMG MYDFFESHAL ISEDSLARLK SNCDLKTESA 301: SVMTEECAVV SDQIDMDTYY LDIYNIYAPL CLNSTLTRRP KRGTTIREFD PCSDHYVQAY LNRPEVQAAL HANATKLPYE WQPCSSVIKK WNDSPTTVIP 401: LIKELMGQGV RVWVFSGDTD GRIPVTSTKY SLKKMNLTAK TAWHPWYLGG EVGGYTEEYK GKLTFATVRG AGHQVPSFQP KRSLSLFIHF LNDTPLPDTS 501: RY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)