AT1G65310.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase with only only the endotransglucosylase (XET; EC 2.4.1.207) activity towards xyloglucan and non-detectable endohydrolytic (XEH; EC 3.2.1.151) activity. Expressed in the mature or basal regions of both the main and lateral roots, but not in the tip of these roots where cell division occurs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 17 (XTH17); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase (InterPro:IPR016455), Beta-glucanase (InterPro:IPR008264), Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal (InterPro:IPR010713), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Glycoside hydrolase, family 16, active site (InterPro:IPR008263), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Glycoside hydrolase, family 16 (InterPro:IPR000757); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 18 (TAIR:AT4G30280.1); Has 2226 Blast hits to 2204 proteins in 309 species: Archae - 0; Bacteria - 291; Metazoa - 0; Fungi - 455; Plants - 1386; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 94 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24257262..24258319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31993.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 282 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKLSCGTSFA FLLLFLLAAQ SVHVYAGSFH KDVQIHWGDG RGKIHDRDGK LLSLSLDKSS GSGFQSNQEF LYGKAEVQMK LVPGNSAGTV TTFYLKSPGT 101: TWDEIDFEFL GNISGHPYTL HTNVYTKGTG DKEQQFHLWF DPTVNFHTYC ITWNPQRIIF TVDGIPIREF KNPEAIGVPF PTRQPMRLYA SLWEAEHWAT 201: RGGLEKTDWS KAPFTAFYRN YNVDGCVWAN GKSSCSANSP WFTQKLDSNG QTRMKGVQSK YMIYNYCTDK RRFPRGVPAE CT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)