AT3G12610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Leucine-rich repeat (LRR) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Plays role in DNA-damage repair/toleration. Partially complements RecA- phenotypes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DNA-DAMAGE REPAIR/TOLERATION 100 (DRT100); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Leucine-rich repeat-containing N-terminal domain, type 2 (InterPro:IPR013210), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Leucine-rich repeat (LRR) family protein (TAIR:AT3G20820.1); Has 34126 Blast hits to 33731 proteins in 4830 species: Archae - 159; Bacteria - 16481; Metazoa - 3906; Fungi - 1752; Plants - 1258; Viruses - 310; Other Eukaryotes - 10260 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4006661..4007779 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39558.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 372 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRKLLASPFS SLLAVVFISV ISVVRCCSPK DQTALNAFKS SLSEPNLGIF NTWSENTDCC KEWYGISCDP DSGRVTDISL RGESEDAIFQ KAGRSGYMSG 101: SIDPAVCDLT ALTSLVLADW KGITGEIPPC ITSLASLRIL DLAGNKITGE IPAEIGKLSK LAVLNLAENQ MSGEIPASLT SLIELKHLEL TENGITGVIP 201: ADFGSLKMLS RVLLGRNELT GSIPESISGM ERLADLDLSK NHIEGPIPEW MGNMKVLSLL NLDCNSLTGP IPGSLLSNSG LDVANLSRNA LEGTIPDVFG 301: SKTYLVSLDL SHNSLSGRIP DSLSSAKFVG HLDISHNKLC GRIPTGFPFD HLEATSFSDN QCLCGGPLTT SC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)