AT3G28270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.830 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF677) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protein of unknown function (DUF677); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF677 (InterPro:IPR007749); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF677) (TAIR:AT3G28290.1); Has 636 Blast hits to 621 proteins in 191 species: Archae - 37; Bacteria - 189; Metazoa - 134; Fungi - 25; Plants - 165; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 85 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10538725..10539849 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41614.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 374 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALSKDLMLK CSEDMMSAYK SACEEHPKLK SFDASLQQRT NKMIDSLTVE DKNGSSSPHD AHMELSKHLV EVTQGVADFI TEIEDDVWDN QALKYLVLAY 101: FENTKKTLEI FKTIENCVEN AEMGQLLIRE ALAEFEKESA EKDVGGKKKK YEKTLEDLKS FKEMGDPFDG KVLTTQFERI KKQQESLLEE VSETRKKIQD 201: EISNLEKKTL ITNVVFGAAF AIVAVASIAL IATGVGAAAG FGALAAPLLA AGWAGVYTTL DKKKDALNKQ LEGLKKVEEI EESVEKGIKT NEEATETVSI 301: LVDGLEDRIK NMLKLVDNAI DHEDNEAATR IVLTQISKKV EKLTKKITEV GESVEDHSKL IAKARLQVLQ KINR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)