AT5G24150.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.606 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
squalene monooxygenase gene homolog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SQP1; FUNCTIONS IN: squalene monooxygenase activity; INVOLVED IN: sterol biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Squalene epoxidase (InterPro:IPR013698); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: squalene monoxygenase 6 (TAIR:AT5G24160.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8172594..8175395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56609.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 516 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFTNVCLWT LLAFMLTWTV FYVTNRGKKA TQLADAVVEE REDGATDVII VGAGVGGSAL AYALAKDGRR VHVIERDLRE PERIMGEFMQ PGGRLMLSKL 101: GLEDCLEGID AQKATGMTVY KDGKEAVASF PVDNNNFPFD PSARSFHNGR FVQRLRQKAS SLPNVRLEEG TVKSLIEEKG VIKGVTYKNS AGEETTALAP 201: LTVVCDGCYS NLRRSLNDNN AEVLSYQVGF ISKNCQLEEP EKLKLIMSKP SFTMLYQISS TDVRCVFEVL PNNIPSISNG EMATFVKNTI APQVPLKLRK 301: IFLKGIDEGE HIKAMPTKKM TATLSEKKGV ILLGDAFNMR HPAIASGMMV LLSDILILRR LLQPLSNLGN AQKISQVIKS FYDIRKPMSA TVNTLGNAFS 401: QVLVASTDEA KEAMRQGCYD YLSSGGFRTS GMMALLGGMN PRPISLIYHL CAITLSSIGH LLSPFPSPLR IWHSLRLFGL AMKMLVPHLK AEGVSQMLFP 501: VNAAAYSKSY MAATAL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)