AT3G25740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.500 plastid 0.500 ASURE: mitochondrion,plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : methionine aminopeptidase 1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plastid localized methionine aminopeptidase. Formerly called MAP1C, now called MAP1B. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
methionine aminopeptidase 1C (MAP1B); FUNCTIONS IN: metalloexopeptidase activity, aminopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis, N-terminal protein amino acid modification; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M24, structural domain (InterPro:IPR000994), Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 (InterPro:IPR002467), Peptidase M24, methionine aminopeptidase (InterPro:IPR001714); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: methionine aminopeptidase 1B (TAIR:AT1G13270.1); Has 17328 Blast hits to 17310 proteins in 2820 species: Archae - 492; Bacteria - 11957; Metazoa - 335; Fungi - 201; Plants - 233; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4110 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9397806..9399653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37681.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 344 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLQKISQSIS LCNGDQFKPL IYLAGAPTNF ISSPLSGKKK SSSLRIKRIQ QLQSTLEDRI NPPLVCGTVS PRLSVPDHIL KPLYVESSKV PEISSELQIP 101: DSIGIVKMKK ACELAARVLD YAGTLVRPFV TTDEIDKAVH QMVIEFGAYP SPLGYGGFPK SVCTSVNECM FHGIPDSRPL QNGDIINIDV AVYLDGYHGD 201: TSKTFLCGDV NGSLKQLVKV TEECLEKGIS VCKDGASFKQ IGKIISEHAA KYGYNMERFI GHGVGTVLHS EPLIYLHSNY DYELEYMIEG QTFTLEPILT 301: IGTTEFVTWP DKWTIVTADG GPAAQFEHTI LITTTGAEIL TISS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)