AT4G14910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HISTIDINE BIOSYNTHESIS 5B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein that is predicted to act as a imidazoleglycerol-phosphate dehydratase involved in histidine biosynthesis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HISTIDINE BIOSYNTHESIS 5B (HISN5B); FUNCTIONS IN: imidazoleglycerol-phosphate dehydratase activity; INVOLVED IN: histidine biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase, conserved site (InterPro:IPR020565), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase (InterPro:IPR000807); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: imidazoleglycerol-phosphate dehydratase (TAIR:AT3G22425.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8528451..8530105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29425.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 272 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELLSSSPAQ LLRPNLSSRA LLPPRTSIAS SHPPPPRFLV MNSQSQHRPS ISCASPPPGD NGFPAITTAS PIESARIGEV KRETKETNVS VKINLDGHGV 101: SDSSTGIPFL DHMLDQLASH GLFDVHVRAT GDTHIDDHHT NEDVALAIGT ALLKALGERK GINRFGDFTA PLDEALIHVS LDLSGRPYLG YNLEIPTQRV 201: GTYDTQLVEH FFQSLVNTSG MTLHIRQLAG KNSHHIIEAT FKAFARALRQ ATESDPRRGG TIPSSKGVLS RS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)