AT5G45390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
onion epidermal cell layer (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CLP protease P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
One of several nuclear-encoded ClpPs (caseinolytic protease). Contains a highly conserved catalytic triad of Ser-type proteases (Ser-His-Asp). The name reflects nomenclature described in Adam et. al (2001). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CLP protease P4 (CLPP4); FUNCTIONS IN: serine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: chloroplast organization, regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S14, ClpP, active site (InterPro:IPR018215), Peptidase S14, ClpP (InterPro:IPR001907); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CLP protease proteolytic subunit 3 (TAIR:AT1G66670.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:18396351..18397586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31500.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 292 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTLSLSSSL KPSLVSSRLN SSSSASSSSF PKPNNLYLKP TKLISPPLRT TSPSPLRFAN ASIEMSQTQE SAIRGAESDV MGLLLRERIV FLGSSIDDFV 101: ADAIMSQLLL LDAKDPKKDI KLFINSPGGS LSATMAIYDV VQLVRADVST IALGIAASTA SIILGAGTKG KRFAMPNTRI MIHQPLGGAS GQAIDVEIQA 201: KEVMHNKNNV TSIIAGCTSR SFEQVLKDID RDRYMSPIEA VEYGLIDGVI DGDSIIPLEP VPDRVKPRVN YEEISKDPMK FLTPEIPDDE IY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)