AT3G19400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cysteine proteinases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cysteine proteinases superfamily protein; FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity, cysteine-type peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C1A, papain (InterPro:IPR013128), Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide (InterPro:IPR013201), Peptidase C1A, papain C-terminal (InterPro:IPR000668), Peptidase, cysteine peptidase active site (InterPro:IPR000169); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Granulin repeat cysteine protease family protein (TAIR:AT3G19390.1); Has 7864 Blast hits to 7783 proteins in 727 species: Archae - 61; Bacteria - 248; Metazoa - 3298; Fungi - 4; Plants - 1899; Viruses - 134; Other Eukaryotes - 2220 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6725510..6726878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40292.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 362 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATPIRVIV SALVILSVLL LSSSLGVATE TEIERNETEV RLMYEQWLVE NRKNYNGLGE KERRFKIFKD NLKFVDEHNS VPDRTFEVGL TRFADLTNEE 101: FRAIYLRKKM ERTKDSVKTE RYLYKEGDVL PDEVDWRANG AVVSVKDQGN CGSCWAFSAV GAVEGINQIT TGELISLSEQ ELVDCDRGFV NAGCDGGIMN 201: YAFEFIMKNG GIETDQDYPY NANDLGLCNA DKNNNTRVVT IDGYEDVPRD DEKSLKKAVA HQPVSVAIEA SSQAFQLYKS GVMTGTCGIS LDHGVVVVGY 301: GSTSGEDYWI IRNSWGLNWG DSGYVKLQRN IDDPFGKCGI AMMPSYPTKS SFPSSFDLLS EI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)