AT3G18630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : uracil dna glycosylase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a uracil-DNA glycosylase (UDG) involved in a base excision DNA repair pathway in mitochondria. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
uracil dna glycosylase (UNG); FUNCTIONS IN: uracil DNA N-glycosylase activity; INVOLVED IN: DNA repair, base-excision repair; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uracil-DNA glycosylase (InterPro:IPR002043), Uracil-DNA glycosylase-like (InterPro:IPR005122); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G10550.1); Has 5606 Blast hits to 5606 proteins in 2219 species: Archae - 2; Bacteria - 4117; Metazoa - 124; Fungi - 141; Plants - 47; Viruses - 234; Other Eukaryotes - 941 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:6411325..6413002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36291.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 330 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSTPKTLM DFFQPAKRLK ASPSSSSFPA VSVAGGSRDL GSVANSPPRV TVTTSVADDS SGLTPEQIAR AEFNKFVAKS KRNLAVCSER VTKAKSEGNC 101: YVPLSELLVE ESWLKALPGE FHKPYAKSLS DFLEREIITD SKSPLIYPPQ HLIFNALNTT PFDRVKTVII GQDPYHGPGQ AMGLSFSVPE GEKLPSSLLN 201: IFKELHKDVG CSIPRHGNLQ KWAVQGVLLL NAVLTVRSKQ PNSHAKKGWE QFTDAVIQSI SQQKEGVVFL LWGRYAQEKS KLIDATKHHI LTAAHPSGLS 301: ANRGFFDCRH FSRANQLLEE MGIPPIDWQL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)