AT3G18000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Arabidopsis thaliana N-methyltransferase-like protein mRNA. Reduce transmission through pollen. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
XIPOTL 1 (XPL1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Methyltransferase type 11 (InterPro:IPR013216); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein (TAIR:AT1G48600.2); Has 22524 Blast hits to 22132 proteins in 2666 species: Archae - 571; Bacteria - 16701; Metazoa - 242; Fungi - 923; Plants - 574; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 3503 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6154578..6157331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56105.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 491 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASYEEERD IQKNYWIEHS ADLTVEAMML DSRASDLDKE ERPEVLSLLP PYEGKSVLEL GAGIGRFTGE LAQKAGELIA LDFIDNVIKK NESINGHYKN 101: VKFMCADVTS PDLKITDGSL DLIFSNWLLM YLSDKEVELL AERMVGWIKV GGYIFFRESC FHQSGDSKRK SNPTHYREPR FYSKVFQECQ TRDAAGNSFE 201: LSMIGCKCIG AYVKNKKNQN QICWIWQKVS SENDRGFQRF LDNVQYKSSG ILRYERVFGQ GFVSTGGLET TKEFVEKMNL KPGQKVLDVG CGIGGGDFYM 301: AEKFDVHVVG IDLSVNMISF ALERAIGLSC SVEFEVADCT TKHYPDNSFD VIYSRDTILH IQDKPALFRT FFKWLKPGGK VLISDYCRSP KTPSAEFSEY 401: IKQRGYDLHD VQAYGQMLKD AGFTDVIAED RTDQFMQVLK RELDRVEKEK EKFISDFSKE DYDDIVGGWK SKLERCASDE QKWGLFIANK N |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)