AT3G17611.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.977 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RHOMBOID-like protein 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RHOMBOID-like protein 14 (RBL14); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RanBP2-type (InterPro:IPR001876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RHOMBOID-like protein 15 (TAIR:AT3G58460.1); Has 871 Blast hits to 869 proteins in 317 species: Archae - 18; Bacteria - 429; Metazoa - 87; Fungi - 37; Plants - 177; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 120 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6024946..6026173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37152.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 334 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENFGEGRRS GGGMLPLLAL SAVAEYYRLP WKPPVTASLL AANTLVYLRP AFIDPVIPHI SEVWFNPHLI FKHKDLKRLF LSAFYHVNEP HLVYNMMSLL 101: WKGIKLETSM GSSEFASMVF TLIGMSQGVT LLLAKSLLLL FDYDRAYYNE YAVGFSGVLF AMKVVLNSQA EDYSSVYGIL VPTKYAAWAE LILVQMFVPN 201: ASFLGHLGGI LAGIIYLKLK GSYSGSDPVT MAVRGVSRLV TWPLRFLNGM VRSRRRRITG RGRVGRGQTG IAGPGIWRCQ SCTYDNSGWL SACEMCGSGR 301: ARGNGWSLNQ GPALSSSNDL PLDELRRRRV ERFS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)