AT3G17205.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.975 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin protein ligase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin protein ligase 6 (UPL6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HECT (InterPro:IPR000569), IQ calmodulin-binding region (InterPro:IPR000048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-protein ligase 7 (TAIR:AT3G53090.2); Has 4447 Blast hits to 4367 proteins in 248 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2469; Fungi - 809; Plants - 361; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 808 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5873528..5881132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 117668.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1029 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MFFSGDPSTR KRVDLGGRST KERDARKLLE QTRMERNRRL LQKQQNSAAL KIQKFFRGRR SMAIERSKVR HDFCETYGNN CQNVDRHCFE PGSSFLRQFL 0101: FFFKAQNSGD FVILVETCRL LQSFVDSSGD IVSLFSGLDY SSEHNLVDFR VKKLAFTCIE AIHQNRNRLR DQLLVTPEEA SISTAILMEA VSLLLDPKLP 0201: WVCKIVSYLQ KRKVFKLVRE MVTTAKESPR GKTMTGNILS LERVLILIVP HIGREPCCCT VVDPRWSFSS MILTIPLIWK LFPNLKVVFA NPSLSQHYIH 0301: QMASCIQKDT CVLPMETSPE FPGYACLLGN TLDTANVVLS QPECSLDMAI DIALVATFFL ETLPPVKSSE GESRQGSSDE DDMLIDDVPG LVLNKALEQQ 0401: ITNAIDSRFL LQLTNVLFRQ VSLGMQSYDE DKEALAIGTA SSFLYAAFNT LPLERIMTIL AYRTELVAVL WNYMKRCHEN QKWSSMPKLL AYLPGDAPGW 0501: LLPLVVFCPV YKHMLMIVDN EEFYEREKPL SLQDIRLLII ILKQALWQLL WVNPLTQPNT GKSVSNDLSK KNPIELIQNR MGIVVSELLS QLQDWNNRKQ 0601: FTSSSDFQAD SVNEYFISQA IMEGTRANYI LMQAPFLIPF TSRVKIFTTQ LATARQSHGS QGIFARNRFR IRRDHILEDA YNQMSALSED DLRSSIRVTF 0701: VNELGVEEAG IDGGGIFKDF MEKITRAAFD VQYGLFKETA DHMLYPNPGS GMIHEQHLQF FHFLGSLLAK AMFEGILVDI PFATFFLSKL KQKYNYLNDL 0801: PSLDPELYRH LIFLKRYKGD ISDLELYFVI LNNEYGERTE EELLPGGQDM RVTNENVITF IHLVSNHRLN FQIRQQSSHF LRGFQQLIPK EWIDMFNEHE 0901: LQVLISGSVD SLDIDDLRNN TNYAGGYHAG HYVIDMFWEV MKSFSTENQK KFLKFVTGCS RGPLLGFKYL EPAFCIQRAA GSASNESVDR LPTSATCMNL 1001: LKLPPYQSKE LLETKLMYAI SAEAGFDLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)