AT3G16090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT1G65040.2); Has 7341 Blast hits to 7321 proteins in 267 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 2254; Fungi - 727; Plants - 3286; Viruses - 21; Other Eukaryotes - 1049 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5456513..5458694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56039.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 492 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIRLRTYAGL SFMATLAVIY HAFSSRGQFY PATVYLSTSK ISLVLLLNMC LVLMLSLWHL VKFVFLGSLR EAEVERLNEQ AWRELMEILF AITIFRQDFS 101: SGFLPLVVTL LLIKALHWLA QKRVEYIETT PSVSKLSHFR IVSFMGFLLL VDSLFMYSSI RHLIQSRQAS VSLFFSFEYM ILATTTVAIF VKYVFYVTDM 201: LMDGQWEKKP VYTFYLELIR DLLHLSMYIC FFFVIFMNYG VPLHLLRELY ETFRNFQIRV SDYLRYRKIT SNMNDRFPDA TPEELTASDA TCIICREEMT 301: NAKKLICGHL FHVHCLRSWL ERQQTCPTCR ALVVPPENAT SAAPGQRELH QGSQQGTSSS GNQGSEISSS AGVSNNSLSR HHARLQAAAS AASVYGKSMV 401: YPSANTVAWS SGVPGTEQVS TEPDQTLPQH NLPVENSHAY ANMSETKLEE MRKSLETHLE ILRNRLHFLE TRKPESAGEP ENKGKSVADA AE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)