AT2G29900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.797 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Presenilin-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Presenilin-2 (PS2); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: intracellular signaling pathway; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase A22, presenilin signal peptide (InterPro:IPR006639), Peptidase A22A, presenilin (InterPro:IPR001108); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Presenilin-1 (TAIR:AT1G08700.1); Has 475 Blast hits to 452 proteins in 108 species: Archae - 2; Bacteria - 0; Metazoa - 334; Fungi - 0; Plants - 63; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 76 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:12749837..12751030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44014.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 397 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDRNQRPRSI LDSLGEELIA ILTPVSICMF TVVLLVCILN SDPSSSSASF SSIATAAYSE SDSDSSWDKF VGALLNSVVF VAAITVATFV LVLLFYLRCV 101: KFLKFYMGFS AFIVLGNLGG EILVLLIDRF RFPIDSITFL ILLFNFSVVG VFAVFMSKFS ILITQGYLVW IGVLVAYFFT LLPEWTTWVL LVALALYDIA 201: AVLLPVGPLR LLVEMAISRD EDIPALVYEA RPVIRNDSRS VQRRVWREQR SSQNNANRNE VRVVESAEVE EEHVGSSERA EISVPLIDRR PEQAENSETF 301: LEGIGLGSSG AIKLGLGDFI FYSVLVGRAA MYDLMTVYAC YLAIIAGLGI TLMLLSVYQK ALPALPVSIM LGVVFYFLAR LLLEVFVVQC SSNLVMF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)