AT3G13350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HMG (high mobility group) box protein with ARID/BRIGHT DNA-binding domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HMG (high mobility group) box protein with ARID/BRIGHT DNA-binding domain; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; LOCATED IN: nucleus, intracellular; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: High mobility group, superfamily (InterPro:IPR009071), High mobility group, HMG1/HMG2 (InterPro:IPR000910), ARID/BRIGHT DNA-binding domain (InterPro:IPR001606); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HMG (high mobility group) box protein with ARID/BRIGHT DNA-binding domain (TAIR:AT1G55650.1); Has 1937 Blast hits to 1906 proteins in 204 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1434; Fungi - 73; Plants - 249; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 181 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4335721..4337804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36297.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 319 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTDISPPYS QTHVEPVNGY PSDNKRCDDS SVPAKYDDLV RNSALFWEKL RAFLGLTSKT LKVPTVGGNT LDLHRLFIEV TSRGGIERVV KDRKWKEVIG 101: AFSFPTTITS ASFVLRKYYL KFLFQLEHVY YLEKPVSSLQ STDEALKSLA NESPNPEEGI DEPQVGYEVQ GFIDGKFDSG YLVTMKLGSQ ELKGVLYHIP 201: QTPSQSQQTM ETPSAIVQSS QRRHRKKSKL AVVDTQKPKC HRSGYNFFFA EQYARLKPEY HGQERSITKK IGHMWSNLTE SEKQVYQDKG VKDVERYRIE 301: MLEYKSSHES GATASTVAQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)