AT3G07550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.859 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNI-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNI-like superfamily protein; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNI-like superfamily protein (TAIR:AT5G23340.1); Has 6516 Blast hits to 2862 proteins in 227 species: Archae - 0; Bacteria - 210; Metazoa - 2727; Fungi - 707; Plants - 2248; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 624 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:2409946..2411133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43679.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 395 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDVSESDNN VETSIIHLPD DCLSFIFQRL DSVADHDSFG LTCHRWLNIQ NISRRSLQFQ CSFSVLNPSS LSQTNPDVSS HHLHRLLTRF QWLEHLSLSG 101: CTVLNDSSLD SLRYPGARLH TLYLDCCFGI SDDGISTIAS FCPNLSVVSL YRCNISDIGL ETLARASLSL KCVNLSYCPL VSDFGIKALS QACLQLESVK 201: ISNCKSITGV GFSGCSPTLG YVDADSCQLE PKGITGIISG GGIEFLNISG VSCYIRKDGL VPIGSGIASK LRILNLRMCR TVGDESIEAI AKGCPLLQEW 301: NLALCHEVKI SGWEAVGKWC RNLKKLHVNR CRNLCDQGLL ALRCGCMNLQ ILYMNGNARL TPTAIEMFRL HRADITLRTE EMMVIGPDWR LYAQE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)