AT3G04680.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : CLP-similar protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nuclear protein that functions in mRNA processing. Mutations in this gene cause embryo lethality and reduced transmission through the female gametophyte. Over-expression of a CLPS3:TAP protein changes the relative levels of two alternatively processed FCA transcripts. It also causes abnormal phyllotaxy and flower development, early flowering under long and short days, and increased levels of CUC1 and WUS expression. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CLP-similar protein 3 (CLPS3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pre-mRNA cleavage complex II Clp1 (InterPro:IPR010655); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CLP1-similar protein 5 (TAIR:AT5G39930.1); Has 879 Blast hits to 856 proteins in 281 species: Archae - 107; Bacteria - 16; Metazoa - 235; Fungi - 297; Plants - 73; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 151 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1270053..1272415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48424.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 444 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAYGGPSMNP PALSGAVPGS ANLKQVKLER ESELRIEVSE EPLRLRVVNG TAEIFGSELP PEIWRTFPPR MKFAVFTWYG ATIEMDGVTE TDYTADETPM 101: VSYINVHAIL DARRRFAKAS TSNDPESSQG PRVIVVGPTD SGKSTLTKML LSWAAKQGWR PTFVDLDVGQ GSITIPGSIA AAPIEMPLDP VEGFPLDMAL 201: VYYYGHASPN MNVELYKALV KELAQVLEKQ FVGNPESRAA GMVINTMGWI EGIGYELLLH AIDTFNASVV LVLGQEKLFS RLKDVLRSKS NVDVVKLHKS 301: GGVVARVKEV RKRSRNFKIQ EYFYGLSKEL SPYANTSSFS DLQVFRIGGG PQAPKSALPA GSTSVSNPLR VTPVNIDDRD LLHSVLAVSY AEEPDQIISS 401: NVSGFVYVTE VNVQKKKITY LAPSPGTLPS KLLVAGSLAW LESV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)