AT3G02680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nijmegen breakage syndrome 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
DNA repair and meiotic recombination protein, component of MRE11 complex with RAD50 and MRE11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nijmegen breakage syndrome 1 (NBS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SMAD/FHA domain (InterPro:IPR008984), Forkhead-associated (FHA) domain (InterPro:IPR000253); Has 164 Blast hits to 161 proteins in 63 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 112; Fungi - 0; Plants - 40; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:576378..579226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60081.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 542 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVWGLFPVDP LSGEDKYYIF SKGIYKVGRK GCDIIINKDK GVSRIHAELT FDATTVSTSR RNKSSSDTSS FVIRVKDCSK YGTFVKTDLG TKDKVHELSN 101: KEKILQDGDV IAFGTGSAIY RLSLIPLVFY LCPSSETFKV DQPVQDAVSS IGARISPTLS EECTHVLLEP RMQVNEALIN AILAKKTIIL TNWVMLLAEK 201: SICSEIPGYS QYRPSVMVEE ALVDVLELNV REKCLEGFTF VLEPTDTYRF GCSFPSLLEV CGAETVTIED ISSMSQDSQF GEINRMICVI PKSAGDKFGR 301: FKHLSLLSRV NEMDLVCAVF SGNLPSTSLI PPSVVISSSC STDETVVADS EAEEEETTSS VHMIDATEKA ETPEKPAAIV IEDSPVTILE ETSNLNEFKS 401: VNLLADTESR GHMDEKNSSD SVTIRRDRND EAETGKSEII YTQDLIVRDL RSTRKVQSTG GEGVVDFKRF RKGNVTCGNS FSSLIPFAKD PYKEYDSWDV 501: TDFMKEEKKR KQMEAIAEDL FKTEKARKRG TAGSIRGFLS GS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)