AT2G30280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-directed DNA methylation 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes RDM4, a transcriptional regulator functioning in RNA-directed DNA methylation and plant development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA-directed DNA methylation 4 (RDM4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1762 (InterPro:IPR013883); Has 44351 Blast hits to 18281 proteins in 1030 species: Archae - 135; Bacteria - 13377; Metazoa - 12547; Fungi - 4712; Plants - 1881; Viruses - 609; Other Eukaryotes - 11090 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12909804..12911860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40080.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDGVGESSTQ NEVEEKPVIV RVKRKVGQSL LDAFWLEINE RPLKRPTLDF SKLSISDSGE RGPSVAEDVK PKKVLVRHLE TVTDSETTAD IIHSFFESDH 101: NEKSCSKGKF EERKIAFKKD NRKEQRLTKS VQKQQIASEN ARFEQIWRSR KGNKEGIHEK CHFFDVIRVD TEERRDNAQE FTSLEDQKML ASFLPLLREC 201: IPTAAEEIEA DIQSSHTEEY VYDYYAVNEE MDISEDSSKN QFPLVIVEDE EEFCDGSDES DYDSEDSNAE DHPKTDYPEE EEEEEEEDDD DDDDDESEEE 301: KSEASDESDD EETSKRHVRS VLGDDEFDDY AEDVYGYSES DEEFES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)