AT2G47900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tubby like protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of TLP family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tubby like protein 3 (TLP3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Tubby, C-terminal (InterPro:IPR000007); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubby like protein 5 (TAIR:AT1G43640.1); Has 958 Blast hits to 953 proteins in 118 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 352; Fungi - 19; Plants - 470; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 117 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:19611196..19612766 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45314.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 406 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSFKSLIQDM RGELGSISRK GFDVRFGYGR SRSQRVVQDT SVPVDAFKQS CWASMPPELL RDVLMRIEQS EDTWPSRKNV VSCAGVCRNW REIVKEIVRV 101: PELSSKLTFP ISLKQPGPRG SLVQCYIMRN RSNQTYYLYL GLNQAASNDD GKFLLAAKRF RRPTCTDYII SLNCDDVSRG SNTYIGKLRS NFLGTKFTVY 201: DAQPTNPGTQ VTRTRSSRLL SLKQVSPRIP SGNYPVAHIS YELNVLGSRG PRRMQCVMDA IPASAVEPGG TAPTQTELVH SNLDSFPSFS FFRSKSIRAE 301: SLPSGPSSAA QKEGLLVLKN KAPRWHEQLQ CWCLNFNGRV TVASVKNFQL VAAPENGPAG PEHENVILQF GKVGKDVFTM DYQYPISAFQ AFTICLSSFD 401: TKIACE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)