AT2G28380.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : dsRNA-binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cytoplasmic dsRNA-binding protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
dsRNA-binding protein 2 (DRB2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Double-stranded RNA-binding (InterPro:IPR001159), Double-stranded RNA-binding-like (InterPro:IPR014720); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: dsRNA-binding protein 5 (TAIR:AT5G41070.1); Has 1035 Blast hits to 903 proteins in 271 species: Archae - 2; Bacteria - 346; Metazoa - 166; Fungi - 72; Plants - 365; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 75 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12134098..12135915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 47442.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 9.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 434 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYKNQLQELA QRSCFNLPSY TCIREGPDHA PRFKATVNFN GEIFESPQYC STLRQAEHSA AEVALNALSN RGPSHSLAAR ILDETGVYKN LLQEIAQRVG 101: APLPRYTTFR SGLGHQPVFT GTVELAGITF TGDPAKNKKQ AEKNAAMAAW SSLKQLAKET SSSMPEPENI DELEQVIIAR ALINYRIKEN IGTGSSSSAP 201: VPFAKKFFMQ NLRPTSPQPS PATTSRILPF ICPKQPSRSS RSSLAATSGI DRIMAAALES RSYQRPQQRF ANPPYVPMRQ FRSQCHGMAP PVTIRTAVPV 301: FSAPPMPPPP CTNNTQLPSS VYVPSLMRTA PPVRIAPPVT IRTAVPVFAS APPVRIRTAV KPTVEAGETR ISSVQEKESI PVLPDSLEIG VEGSTITITD 401: CEKTASKETE RAEFKDSSKG EPETARERLE NLKI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)