AT2G46530.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.843 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : auxin response factor 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
auxin response factor 11 (ARF11); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to hormone stimulus, regulation of transcription, DNA-dependent, regulation of transcription; LOCATED IN: endomembrane system, nucleus; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aux/IAA-ARF-dimerisation (InterPro:IPR011525), Transcriptional factor B3 (InterPro:IPR003340), Auxin response factor (InterPro:IPR010525), AUX/IAA protein (InterPro:IPR003311); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin response factor 18 (TAIR:AT3G61830.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19105112..19108029 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69667.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 622 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSQTSLEPLI ISIIKLQILQ LWLKLIAVGW NLGSNDDELY TELWKACAGP LVEVPRYGER VFYFPQGHME QLVASTNQGV VDQEIPVFNL PPKILCRVLS 101: VTLKAEHETD EVYAQITLQP EEDQSEPTSL DPPLVEPAKP TVDSFVKILT ASDTSTHGGF SVLRKHATEC LPSLDMTQPT PTQELVARDL HGYEWRFKHI 201: FRGQPRRHLL TTGWSTFVTS KRLVAGDAFV FLRGETGDLR VGVRRLAKQQ STMPASVISS QSMRLGVLAT ASHAVTTTTI FVVFYKPRIS QFIISVNKYM 301: MAMKNGFSLG MRYRMRFEGE ESPERIFTGT IIGSGDLSSQ WPASKWRSLQ IQWDEPSSIQ RPNKVSPWEI EPFSPSALTP TPTQQQSKSK RSRPISEITG 401: SPVASSFLSS FSQSHESNPS VKLLFQDPAT ERNSNKSVFS SGLQCKITEA PVTSSCRLFG FDLTSKPASA TIPHDKQLIS VDSNISDSTT KCQDPNSSNS 501: PKEQKQQTST RSRIKVQMQG TAVGRAVDLT LLRSYDELIK ELEKMFEIEG ELSPKDKWAI VFTDDEGDRM LVGDDPWNEF CKMAKKLFIY PSDEVKKMRS 601: KSLLGDKGTI VNLESDQRTV HV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)