AT2G45470.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.500 plasma membrane 0.500 ASURE: extracellular,plasma membrane What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : FASCICLIN-like arabinogalactan protein 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FASCICLIN-like arabinogalactan protein 8 (FLA8); LOCATED IN: anchored to plasma membrane, apoplast, plasma membrane, anchored to membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAS1 domain (InterPro:IPR000782); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FASCICLIN-like arabinogalactan-protein 10 (TAIR:AT3G60900.1); Has 14155 Blast hits to 6880 proteins in 856 species: Archae - 79; Bacteria - 4506; Metazoa - 1333; Fungi - 788; Plants - 1999; Viruses - 868; Other Eukaryotes - 4582 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:18742797..18744059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43077.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 420 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASQTFSLL AFTFSLLAFA STVSSHNITQ ILADSPDYSS FNSYLSQTKL ADEINSRTTI TVLVLNNGAM SALAGKHPLS VIKSALSLLV LLDYYDPQKL 101: HKISKGTTLS TTLYQTTGNA PGNLGFVNIT DLKGGKVGFG SAASGSKLDS SYTKSVKQIP YNISILEIDA PIIAPGVLTA PAPSASLSNI TGLLEKAGCK 201: TFANLLVSSG VLKTYESAVE KGLTVFAPSD EAFKAEGVPD LTKLTQAEVV SLLEYHALAE YKPKGSLKTN KNNISTLATN GAGKFDLTTS TSGDEVILHT 301: GVAPSRLADT VLDATPVVIF TVDNVLLPAE LFGKSKSPSP APAPEPVTAP TPSPADAPSP TAASPPAPPT DESPESAPSD SPTGSANSKS ANAAVGVSTP 401: SLFTALVTIA AIAVSVSLCS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)