AT2G04780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.500 plasma membrane 0.500 ASURE: extracellular,plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FASCICLIN-like arabinoogalactan 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
fasciclin-like arabinogalactan-protein 7 (Fla7) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FASCICLIN-like arabinoogalactan 7 (FLA7); LOCATED IN: anchored to plasma membrane, plasma membrane, anchored to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAS1 domain (InterPro:IPR000782); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FASCICLIN-like arabinogalactan 6 (TAIR:AT2G20520.1); Has 713 Blast hits to 707 proteins in 79 species: Archae - 4; Bacteria - 65; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 633; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1677488..1678252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26847.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 254 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKMQLSIFI AVVALIVCSA SAKTASPPAP VLPPTPAPAP APENVNLTEL LSVAGPFHTF LDYLLSTGVI ETFQNQANNT EEGITIFVPK DDAFKAQKNP 101: PLSNLTKDQL KQLVLFHALP HYYSLSEFKN LSQSGPVSTF AGGQYSLKFT DVSGTVRIDS LWTRTKVSSS VFSTDPVAVY QVNRVLLPEA IFGTDVPPMP 201: APAPAPIVSA PSDSPSVADS EGASSPKSSH KNSGQKLLLA PISMVISGLV ALFL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)